「東京から石垣島」というと、同じ日本国内とはいえ地理的にはかなり離れているため、フライト時間が3時間半～4時間近くにおよぶ長距離国内線となります。海外だと3～4時間程度のフライトは決して珍しくありませんが、日本国内でこの程度の長さのフライトを体験できる路線は限られています。

特に首都圏（羽田・成田）から石垣島へ向かう際は、本州から沖縄本島（那覇）をさらに飛び越えた“離島”へ行くわけですから、移動にかかる時間だけでなくコストも気になるところ。少しでもお得に行きたい方、時間を有効に使いたい方、快適な旅を求める方など、ニーズは人それぞれでしょう。

そこで本記事では、最新の運航状況やサービスをベースにして、

  1. 【豪華編】ちょっと贅沢にANAプレミアムクラスを狙う方法
  2. 【一般編】ANA・JALのメリット・デメリット比較
  3. 【格安編】LCC（Peach）を使ってとことん予算を抑える

という3つのパターンに分けて解説していきます。「どの空港が便利？」「どんな料金体系がある？」「フライト時間はどのくらい？」など、具体的な疑問にも答えられるようまとめましたので、ぜひ旅行計画の参考にしてください。

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目次

  1. 東京～石垣島の基本情報とフライト概要
  2. 【豪華編】ANAプレミアムクラスを狙う！
  3. 【一般編】ANAとJALを徹底比較
    1. ANAの運航便の特徴
    2. JALの運航便の特徴
    3. 運航便比較一覧表
  4. 【格安編】LCCはPeach一択！
  5. 石垣島行き航空券をお得に確保するコツ
  6. 機内での過ごし方・快適ワザ
  7. まとめ

1. 東京～石垣島の基本情報とフライト概要

● 東京～石垣島の距離と所要時間

  • フライト距離：約1,950km前後
    （羽田～石垣間で約1,950km、成田～石垣間で約1,970kmほどとされています）
  • フライト時間：3時間20分～4時間弱（天候や季節、風向きによって変動）

日本国内線としてはトップクラスに長いフライト時間を要します。ちなみに、かつてANAが運航していた「新千歳（北海道）～那覇（沖縄）」は約4時間で、国内最長級でした。東京～石垣間もそれに次ぐ長距離路線で、飛行時間は約3時間半～4時間近くです。

● 就航している航空会社

  • フルサービスキャリア（FSC）
    • ANA（全日本空輸）
    • JAL（日本航空）
  • LCC（格安航空会社）
    • Peach（ピーチ・アビエーション）

2025年1月時点で、直行便を運航しているLCCはPeachのみ。ジェットスターが一部季節運航やチャーター便を検討していた時期もありますが、定期便としては就航していません（※将来的に変わる可能性はあり）。

● 出発空港は「羽田」と「成田」の2択

  • ANA・JAL：羽田空港発着がメイン
  • Peach：成田空港発着

どちらの空港を利用するかによって、アクセスや便数、スケジュール・料金体系が大きく異なります。後ほど詳しく解説しますが、成田発着はLCCを使いたい方におすすめ、羽田発着はフルサービスキャリア（ANA/JAL）で快適性や時間重視の方におすすめという傾向です。

LCCとFSCの違いを徹底比較｜安さの理由・快適性の違い・向いている旅のスタイルを徹底解説

2. 【豪華編】ANAプレミアムクラスを狙う！

「どうせ3時間半も飛ぶなら、ちょっと贅沢して快適に過ごしたい」という方には、ANAのプレミアムクラス（国内線上級クラス）を狙うのがおすすめ。JALにも「ファーストクラス」「クラスJ」がありますが、2025年現在、羽田～石垣路線の上級クラス設定はANAプレミアムクラスとJALのファーストクラスは非常に限られています。実際、JALは国内線ファーストクラスを羽田～伊丹線や一部主要路線に投入していますが、石垣路線では基本的に設定がない（クラスJのみ、という場合が多い）ため、ANAプレミアムクラスの方が狙い目とも言えます。

● ANAのプレミアムクラスを選ぶ理由

  • シートが広くリクライニング角度も大きい
  • 受託手荷物の優先サービスや専用カウンターが利用可
  • 機内サービス（食事・ドリンク）が充実
  • プレミアムクラス搭乗でANAマイル・プレミアムポイントも多く加算

● 運航便＆注意点

2025年1月時点の冬ダイヤでは、ANAは羽田～石垣を1日2便運航しています（※季節により増減あり）。以下の便が代表的です。

便名出発時刻
（羽田）		到着時刻
（石垣）		使用機材
（例）		備考
ANA089便08:10～08:20頃11:25～11:35頃A321またはB737系等朝出発で現地での時間を有効活用可能。
ANA091便11:25～11:35頃14:35～14:45頃A321またはB737系等やや遅め出発なので朝の移動に余裕がある。
  • プレミアムクラス設定がある機材は少ない
    ANA089便・ANA091便ともに使用機材はA321またはB737など中型機の場合が多いですが、プレミアムクラス席数はわずか8席前後とかなり希少です。
  • 運賃は日によって幅がある
    早期購入割引やシーズンなどにより、プレミアムクラスでも4～7万円程度の幅で変動する場合があります。特に繁忙期（GW、夏休み、年末年始）は高めなので注意。

● 予約を取りやすくするコツ

  1. 予約開始日（多くは搭乗日355日前）を狙う
    国内線は355日前から予約できることが多いので、なるべく早めに狙う。
  2. ANAマイレージクラブに入会しておく
    とくに上級会員（プラチナ、ダイヤモンド）やスーパーフライヤーズ会員は優先的に希望座席を選択可能。
  3. こまめに予約状況をチェック
    キャンセルが出る可能性があるので、こまめなチェックが吉。

朝早い便で行けば石垣島での滞在時間をしっかり確保できますし、プレミアムクラスなら機内食やドリンクを楽しみながら、あっという間のフライトを過ごせるでしょう。「石垣島旅行のスタートから特別感を味わいたい」という方はぜひ検討してみてください。

3. 【一般編】ANAとJALを徹底比較

「豪華シートまではいらないけど、荷物も多いし、快適さやサービスはそこそこ欲しい」「マイルを貯めたい・使いたい」という方は、フルサービスキャリアのANAまたはJALを選ぶのが定番です。

実際、東京～石垣直行便を利用する人の多くはANAかJAL。その理由は以下の通りです。

  • 便数がある程度確保されている：1日2便（ANA）、1日2便（JAL）など
  • 大型・中型機材を使用：座席数が多く、予約のチャンスも多い
  • サービスが充実：機内Wi-Fiや無料ドリンク、座席指定など

ここではANAとJALそれぞれの特徴とメリット・デメリットを解説しつつ、便ごとの評価も見てみましょう。なお、具体的な時刻や運賃はシーズン・日付で変わりますので、参考程度にご覧ください。

3-1. ANAの運航便の特徴

■ 代表的な便名と時刻（2025年冬ダイヤ例）

  • ANA089便：羽田 08:15発 → 石垣 11:30着
  • ANA091便：羽田 11:25発 → 石垣 14:35着

※季節や曜日によって時刻が前後する場合があります。

■ メリット

  • 朝出発便（ANA089便）は現地での時間を有効活用しやすい
    → 到着が11:30頃なので、午後から丸々観光にあてられます。
  • 座席にパーソナルモニター搭載機材が使われることが多い
    → A321など、比較的新しい機材では機内エンターテイメントが利用可能。3時間超のフライトも退屈しにくい。
  • ANAマイルを貯めたい人に最適
    → 出張や国内外の旅行などでANAを利用する機会が多い方は効率的にマイルを貯められる。

■ デメリット

  • 運賃がやや高めになる傾向
    JALと比べても大きく違わないものの、時期や便によっては数千円～1万円ほど高いことも。
  • 中型機が主力のため、座席数がそこまで多くない
    → 特に繁忙期は取りにくくなる可能性がある。

3-2. JALの運航便の特徴

■ 代表的な便名と時刻（2025年冬ダイヤ例）

  • JAL971便：羽田 06:45発 → 石垣 09:55着
  • JAL973便：羽田 14:15発 → 石垣 17:25着

※こちらも季節や曜日で時刻が変わる場合があります。
※実際には日本トランスオーシャン航空（JTA）が運航するコードシェア便を含むケースが多い。

■ メリット

  • 朝一番便（JAL971便）は到着がかなり早い
    → 石垣空港9:55着なので、1日目まるごと観光やアクティビティを楽しめます。
  • 運賃がANAよりやや安いことがある
    → 数千円の差ですが、複数人で旅行する場合はトータルコストに差が出ます。
  • JALマイルを貯めている方にメリット
    → JGC修行中の方やワンワールド系をよく使う方には便利。

■ デメリット

  • 朝便がとても早いので、起床時間がつらい
    → 06:45発に間に合うように行くには、地域によっては深夜出発や前泊が必要になる。
  • 午後便（JAL973便）は到着が遅い
    → 石垣に17:25着なので、その日は移動だけで終わってしまう可能性が高い。

3-3. 運航便比較一覧表

2025年1月時点の主な直行便と、そのメリット・デメリットをざっくりとまとめると、以下のようになります（時刻は一例）。実際には変動があるため、最終的に各社サイトを要確認。

航空会社便名羽田発石垣着メリットデメリット
ANAANA089便08:15頃11:30頃・程よい時間帯で利用しやすい
・パーソナルモニター機材多め		・JALの朝便より料金がやや高め
・中型機で座席数が多くない
ANAANA091便11:25頃14:35頃・朝が苦手な人でも間に合いやすい
・午前中に空港へ余裕をもって行ける		・到着が昼過ぎで遊べる時間が短い
・料金が朝便とあまり差がない
JALJAL971便06:45頃09:55頃・到着が最も早く1日目をフルに活用
・料金がANA朝便より安い場合も		・集合時間が早朝すぎる
・地方からの乗り継ぎが大変
JALJAL973便14:15頃17:25頃・運賃がANAより安い日もある
・ゆっくり出発できる		・到着が17時台で1日目はほぼ移動だけ
・旅程によってはもったいない

結論としては、どちらが絶対に良いというわけではなく、自分の旅程・予算・朝の移動事情などに合わせて選ぶのがベストです。家が空港から遠い場合、JAL971便の利用はかなりハードルが高いかもしれませんし、予算を少しでも抑えたいならJAL優勢になる場合が多いかもしれません。

4. 【格安編】LCCはPeach一択！

「できるだけ安く石垣島に飛びたい！ 機内サービスや座席の広さは気にしない！」という方には、成田空港発着のPeachがおすすめです。
2025年1月現在、東京エリア（関東）から直行便を飛ばすLCCはPeachのみ。ジェットスターやスプリング・ジャパンなどは残念ながら定期便としての参入はありません。

● Peach 成田～石垣 直行便の基本情報

  • 便数：1日2往復（朝便・午後便）
  • 所要時間：3時間30分～3時間45分程度
  • 運賃：数千円～1.5万円程度（セール時はさらに格安）

■ 代表的な便名と時刻（2025年冬ダイヤ例）

  • MM501便：成田 07:20発 → 石垣 11:00頃着
  • MM503便：成田 14:30発 → 石垣 18:05頃着

※時刻はダイヤにより若干変わることがあります。
※セールや繁忙期によって運賃変動が激しいので、公式サイトで要チェック。

● LCCを使う際のメリット

  • 運賃が圧倒的に安い
    早期購入やセールを狙えば、片道8,000円～1万円台前半で購入できることも珍しくありません。
  • 荷物を最小限にすれば、追加料金も抑えられる
    Peachは受託手荷物が有料なので、機内持込荷物だけで済むなら費用をさらに節約可能。

● LCCを使う際の注意点

  • 朝便利用時の成田空港へのアクセス
    07:20発に合わせるには遅くとも06:30頃には空港到着が望ましい。都内発の場合、深夜・早朝の交通手段や前泊先の確保が必要になるかもしれません。
  • 午後便だと到着が18:00頃で初日はほぼ行動できない
    1泊2日など短期旅行の場合は時間が足りなくなる。
  • 座席間隔が狭い・機内サービスが有料
    3時間超えのフライトで快適さを求める人には向かないかもしれません。

■ 前泊や早朝バスの活用を検討する

成田空港は国際線の発着が多いこともあり、早朝・深夜の交通手段（バス・鉄道）が比較的充実しています。

  • 深夜バスで都内から成田へ移動
  • 成田空港近くのホテルやカプセルホテルに前泊
  • 都内ネットカフェなどで仮眠後、始発の電車やリムジンバスで成田へ

こういった工夫で移動費や宿泊費を抑えられれば、トータルでみてもANA/JAL利用時より格安になるケースが多々あります。

5. 石垣島行き航空券をお得に確保するコツ

● 1. 早期予約割引を活用

ANA・JALの「早期購入割引（45日前・55日前・75日前など）」は、普通運賃より大幅に安くなることがあります。早めの計画が立てられる場合はぜひ活用してみてください。

● 2. LCCのセール情報をチェック

Peachでは定期的に「○○円セール」を実施しています。石垣路線が対象になればかなりの破格になることも。公式サイトやSNSなどをこまめにチェックしておくと◎。

● 3. マイル・ポイントを使う

  • ANAマイルを大量に持っているなら、特典航空券に交換
  • JALマイルも同様に使える
    → ただし繁忙期は特典席数が少ないので要注意。
  • クレジットカードのポイントを航空会社マイルに移行
    → 石垣島の航空券は距離が長いぶん交換マイル数も大きいですが、先得割引などでは現金で買う方が安い場合もあるので比較する価値あり。

● 4. 旅行代理店やパックツアーを利用

航空券＋ホテルの「パッケージツアー」は意外とリーズナブルなケースもあります。特に夏休みシーズンなど高騰しやすい時期には、個別手配よりツアーの方が安くなる場合があるため要チェックです。

6. 機内での過ごし方・快適ワザ

東京～石垣間は約3時間半～4時間。長時間フライトを少しでも快適に過ごす工夫をしてみましょう。

  1. モバイルバッテリー＆充電ケーブル
    • 一部機材ではUSBポートがない座席もあるので、バッテリーを用意しておくと安心。
  2. ブランケット・上着
    • 機内は思ったより寒いことも。LCCは無料ブランケットがない場合が多いので特に注意。
  3. 軽食・飲み物
    • ANA/JALはソフトドリンク無料、PeachなどLCCは有料販売（持ち込みOKだがアルコールや匂いの強いものは注意）。
  4. ネックピローやアイマスク
    • 長時間座るのであると便利。首や腰が痛くならないよう調整。
  5. 機内Wi-Fiの活用
    • ANA/JAL便では国内線無料Wi-Fiが使える機材も多い。メールチェックやSNSで暇つぶし。

7. まとめ

以上、東京（羽田・成田）から石垣島へ行く際の航空会社選び・フライトスケジュール・料金・サービスなどを整理してみました。ポイントを再度まとめると、こんな感じです。

  1. フルサービスキャリア（ANA・JAL）
    • 時間重視・快適さ重視・荷物が多い人におすすめ。
    • 朝便なら現地滞在時間が長くとれるが、移動開始時刻が早すぎる点は要注意。
    • 料金はLCCに比べると高めだが、早期割引やマイル利用次第ではお得にすることも可能。
    • ANAプレミアムクラスやJALクラスJ（ファーストクラスは設定希少）で贅沢旅もアリ。
  2. LCC（Peach）
    • とにかく予算を抑えたい人向け。セール時には破格の運賃も。
    • 成田早朝発便を使うなら、前泊や深夜バスなどの工夫が必要。
    • 機内サービスは基本有料・座席が狭めなので、長時間フライトに不慣れな人にはつらい場合も。
    • 到着が夕方・夜になる便もあるため、短期旅行の場合は計画に注意。
  3. マイル・ポイントの活用やパッケージツアーの比較検討
    • 航空券を単体で買うよりも安くなる可能性があるため、様々な選択肢を比べると◎。

国内でありながら“まるで海外旅行のような時間と距離”を飛ぶ東京～石垣間のフライト。しかし、そのぶん景色の変化や南国リゾートへの期待感を味わいながら過ごすことができますし、機内Wi-Fiやエンタメ設備の充実など、以前に比べ快適さも増しています。

ぜひ今回の記事を参考に、自分に合った航空会社・フライトを選んでいただき、石垣島での滞在を思い切り満喫してくださいね。どの便を選んでも、目の前に広がる青い海と美しい自然、そして石垣島の独特のゆったりとした空気感が、忙しい日常を忘れさせてくれるはずです。

それでは、次回の「〇〇へ行くならシリーズ」もどうぞお楽しみに。
素敵な石垣島旅行になりますように。最後まで読んでいただきありがとうございました。

※本記事の情報について

  • 記事内の運航スケジュールや料金目安は、2025年1月時点の一般的な状況や過去の傾向をもとに記載しています。実際にはシーズンや曜日、航空会社の運航計画により変動しますので、必ず最新情報を公式サイトでご確認ください。
  • 新型コロナウイルス感染症等の影響で、各空港・航空会社が独自の対応を取っている場合があります。マスク着用ルールやアルコールサービスの有無、機内食提供のスタイルなど、状況によっては変更される場合があるため、搭乗前に最新情報をチェックしましょう。